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[学术文献 ] 哈佛大学开发靶向肺癌细胞新型的双功能抗体 进入全文
Nature
2024年9月25日，哈佛大学医学院Pasi A. Jänne与Xin Zhou研究团队在Nature发表题为：“Transferrin receptor targeting chimeras for membrane protein degradation”研究论文，这项研究开发了一种新型的双功能抗体，利用靶向转铁蛋白受体的嵌合体用于膜蛋白降解，实现靶向药物耐药的肺癌细胞，为靶向癌症治疗提供了新的策略，增强了癌症治疗的精准性。
[学术文献 ] 四川大学等团队合作研究开发了G4LDB 3.0数据库 进入全文
Nucleic Acids Research
2024年9月25日，四川大学李峰，中国科学院唐亚林，四川大学杨舒共同通讯在Nucleic Acids Research 在线发表题为“G4LDB 3.0: a database for discovering and studying G-quadruplex and i-motif ligands”的研究论文，该研究介绍G4LDB 3.0 (http://www.g4ldb.com)，这是一个在内容和功能方面具有广泛增强的升级版本。新版本包括超过4800个G4/iM配体和大约51000个活动条目。主要升级包括高级搜索功能、动态知识图、增强的数据可视化，以及自动显示配体结构聚类结果和化学空间分布的新动态分析功能。随着这些更新，G4LDB 3.0进一步发展成为一个全面的资源和有价值的研究工具。这些显著的改进解决了人们对高效数据处理和用户体验日益增长的需求，突出了G4LDB在推进G-quadruplexes和i-motifs研究中的关键作用。
[学术文献 ] 中科院开发单细胞多模态组学数据库scMMO-atlas 进入全文
Nucleic Acids Research
2024年9月24日，中国科学院靳文菲团队在Nucleic Acids Research 在线发表题为“scMMO-atlas: a single cell multimodal omics atlas and portal for exploring fine cell heterogeneity and cell dynamics”的研究论文，该研究通过收集和整合各种scMMO数据来构建scMMO地图集，然后构建scMMO数据库和门户网站scMMO-atlas。scMMO-atlas包括scATAC+RNA、scRNA+蛋白、scATAC+蛋白和scTri-modal组学数据，来自27个细胞组织/器官的3 168 824个细胞。scMMO-atlas提供了一个交互式的门户网站，对每种模式和综合数据进行可视化和特征分析。与单峰组学数据相比，scMMO-atlas中小鼠大脑皮层scATAC+RNA数据的综合分析鉴定出更多的细胞亚群。在这些新的细胞亚群中，有一个早期星形胶质细胞亚群高度表达Grm3，称为Astro-Grm3。此外，研究还鉴定出Ex-L6-Tle4-Nrf1，这是Ex-L6-Tle4的一个祖基因，表明了scMMO-atlas大数据提供的统计能力。总之，scMMO-atlas提供了细胞图谱、数据库和门户，以促进数据利用和生物学见解。
[学术文献 ] 同济与上交合作开发支持群体分组分析的宏基因组测序综合分析软件 进入全文
iMetaOmics
2024年9月18日，同济大学李江涛、魏珂联合上海交通大学王晓竹等团队在iMetaOmics在线发表了题为“OUTPOST: a comprehensive analysis software for whole-metagenome shotgun sequencing incorporating group stratification”的文章。本文开发了针对宏基因组鸟枪法测序的综合分析软件OUTPOST，OUTPOST（the whole metagenOme shotgun seqUencing sTream Pipeline that is cOmprehensive and uSeful for mulTi groups experiments）是一个针对宏基因组鸟枪法测序的综合分析软件，同时包含了群体分组分析。它包括14个模块，拥有超过50个功能，与现有的17种宏基因组鸟枪法测序（whole-metagenome shotgun sequencing，WMGS）工具相比，因其全面性而脱颖而出。OUTPOST为多组实验设计和基于荟萃分析的生物标志物鉴定引入了创新方法。
[学术文献 ] 马萨诸塞大学开发工程噬菌体聚合物纳米组件 进入全文
ACS Nano
2024年9月17日， 马萨诸塞大学阿默斯特分校VincentM. Rotello 团队在ACS Nano发表题为：“Engineered Bacteriophage-Polymer Nanoassemblies for Treatment of Wound Biofilm Infections”研究论文。噬菌体疗法具有对病原体的特异性和对耐药菌的杀菌活性，因此在抗击细菌感染方面大有可为；然而，它对生物膜的有效性却面临着挑战。本研究表明，阳离子聚合物，尤其是 PONI-Guan，可以增强噬菌体对生物膜的效力。通过共聚焦显微镜成像观察到，用噬菌体 K 改造的所述 PPN 保留了噬菌体的感染性，并能有效穿透生物膜。此外，含有 PONI-Guan 48k 聚合物的优化配方 PPN@48K 具有消除生物膜的作用，这可能是由于该系统带有大量正电荷且尺寸离散，而游离噬菌体的活性极低。在 P407 水凝胶中加入 PPN 后，PPN 对小鼠 MRSA 生物膜的抗菌活性得到了证实。所述纳米材料与噬菌体的整合展示了基于纳米载体的噬菌体疗法解决方案在解决 MDR 生物膜感染方面的潜力
[学术文献 ] 新墨西哥大学揭示鲑科鱼类与脑中细菌共生关系 进入全文
Science Advances
2024年9月18日，新墨西哥大学Amir Mani等人在Science Advances发表题为“A brain microbiome in salmonids at homeostasis”研究论文，研究首次在健康鲑鱼科鱼类（salmonids）的大脑中发现了活的细菌群落，这些细菌的载量与脾脏相近，但比肠道低1000倍。研究者通过实验室饲养的彩虹鳟鱼的大脑区域、肠道、血液和脑脊液样本，使用定量PCR、荧光原位杂交和培养组学等方法，揭示了这些微生物的存在。这些大脑细菌群落与肠道和血液细菌群落共享超过50%的多样性，并且可能通过血脑屏障进入大脑。通过比较基因组学，研究者发现大脑细菌可能具有适应大脑生态位的基因特征，例如多胺生物合成的基因。此外，研究还发现，在自然系统中，鲑鱼的大脑微生物群落在从幼鱼到成熟繁殖期的个体中会发生改变。这些发现重新定义了大脑与细菌之间的生理关系，并提出微生物群落可能通过直接定植于大脑组织来调节鲑鱼科鱼类的大脑，而不仅仅是通过肠-脑轴。研究还探讨了不同鲑鱼物种和不同地理位置的大脑微生物群落，发现这些群落受到宿主遗传和环境因素的共同影响。研究结果为理解微生物群落如何影响鲑鱼科鱼类的神经调节提供了新的视角，并可能对养殖鱼类的健康和行为产生重要影响。
