PROBLEM TO BE SOLVED: To provide an analysis method for comprehensively and quantitatively evaluating intercell protein interactions in a system in which cells derived from different individuals coexist, and identifying significant interactions and strongly interdependent signals.SOLUTION: The method for analyzing intercell protein interactions in the cells derived from two or more individuals, includes: a step for obtaining, and grouping by individual, expression profiles of genes in the micro-environment in which the cells derived from two or more individuals coexist a step for selecting combinations of two proteins that may interact intercellularly and a step in which, out of these protein combinations, when, in one individual of the two or more individuals, the expression level of the gene encoding one of the proteins is higher than in the other individuals, and when, in the individual other than the individual, the expression level of the gene encoding the other of the proteins is higher than the other individuals, then the interaction resulting from the protein combination is estimated, on the basis of the expression profiles, to be an interaction more significant than between the cells derived from the two or more individuals.COPYRIGHT: (C)2013,JPO&INPIT【課題】本発明は、異なる個体に由来する細胞が共存する系で、細胞間のタンパク質相互作用を網羅的かつ定量的に評価し、重要な相互作用や相互依存性の強いシグナルを同定する解析方法を提供することを目的とする。【解決手段】本発明は、2以上の個体に由来する細胞が共存している微小環境における遺伝子の発現プロファイルを、個体ごとに分類して得る工程と、細胞間で相互作用しうる2つのタンパク質の組合せを選択する工程と、前記発現プロファイルに基づいて、前記タンパク質の組合せの中で、前記2以上の個体の1の個体において、前記タンパク質の一方をコードする遺伝子の発現量がその他の個体より高く、かつ、前記1の個体とは別の個体において、前記タンパク質の他方をコードする遺伝子の発現量がその他の個体より高くなっている場合に、該タンパク質の組合せによる相互作用が、前記2以上の個体に由来する細胞間においてより重要な相互作用であると推測する工程と、を含む、2以上の個体に由来する細胞間におけるタンパク質の相互作用の解析方法を提供する。【選択図】図1
