The present invention relates to a method for producing a natural product enzyme by using lactic acid bacteria, and more particularly, to a method for producing a natural product fermentation enzyme by inoculating lactic acid bacteria with natural products such as ginseng, perennials, onion and seaweed. The natural product enzyme by the production method of natural product enzyme using the lactic acid bacterium of the present invention is a very useful invention in the food industry because it can effectively utilize the natural physiologically active ingredient contained in the natural product and the active ingredient additionally produced by lactic acid fermentation.본 발명은 유산균을 이용한 천연물 효소의 생산 방법에 관한 것으로서, 보다 상세하게는, 인삼, 황칠나무, 들깨, 양파 및 해조류 등의 천연물에 유산균을 접종하여 발효시킨 천연물 발효 효소의 생산 방법에 관한 것이다. 본 발명의 유산균을 이용한 천연물 효소의 생산 방법에 의한 천연물 효소는 상기 천연물이 함유하는 천연 생리 활성 성분 및 유산균 발효에 의하여 추가로 생성되는 활성 성분을 효과적으로 이용할 수 있으므로 식품 산업상 매우 유용한 발명이다.