The present invention relates to a method for manufacturing koji with decreased bacteria for Korean pastes using organic acid and, more specifically, to a method for manufacturing koji with decreased bacteria for Korean pastes using organic acid, the method comprising a step for treating preprocessed grains with organic acid; a step for inoculating koji bacteria to the grains treated with the organic acid; a step for making koji by transferring the grains inoculated with the koji bacteria to a koji fermenter; and a step for treating the organic acid while making the koji.본 발명은 유기산(organic acid , 有機酸)을 이용하여 세균수가 감소된 장류용 코지(koji)의 제조방법 관한 것으로서 보다 상세하게는 전처리한 곡류에 유기산을 처리하는 단계; 상기의 유기산을 처리한 곡류에 코지균을 접종하는 단계; 상기의 코지균이 접종된 곡류를 제국기로 이송시켜 제국을 실시하는 단계; 및 상기의 제국 실시 중에 유기산을 처리시키는 단계를 포함하는 것을 특징으로 하는 유기산을 이용하여 세균수가 감소된 장류용 코지의 제조방법에 관한 것이다.