It is introduced into the pH adjustment flocculation tank 1 the raw water W containing the microalgae, sparingly soluble was added soluble metal salt to produce a hydroxide, it is adjusted to a predetermined pH. Subsequently, to coagulate the microalgae with poorly soluble hydroxide precipitated and the resulting floc is separated into a floc and the treated water by solid-liquid separation tank 2. According to the separation and recovery method of the microalgae, without the use of flocculants, including high polymer with aluminum and toxicity from the culture solution containing the microalgae as microalgae and an additive for feed or food additives it may be available to recover.微細藻類を含む原水WをpH調整凝集槽1に導入し、難溶性水酸化物を生成する溶解性金属塩を添加し、所定のpHに調整する。続いて、析出した難溶解性水酸化物により微細藻類を凝集させ、生成した凝集フロックを、固液分離槽2で凝集フロックと処理水とに分離する。かかる微細藻類の分離回収方法によれば、微細藻類を含有する培養溶液からアルミニウムや毒性のある高分子ポリマーなどを含む凝集剤を使用することなく、微細藻類を飼料用添加物もしくは食品添加物として利用可能に回収することができる。