The present invention provides a functional tomato red pepper paste prepared by mixing 27-35 wt% of tomato puree, 14-18 wt% of an apple extract, 14-18 wt% of grain syrup, 11-15 wt% of a red pepper powder, 9-12 wt% of garlic, 7-9 wt% of a fermented soybean lump, 4.5-6 wt% of table salt, and 0.4-0.6 wt% of nuruk, and then aging the mixture, wherein the grain syrup is prepared by adding rice, sorghum, and malt to grain syrup water in which water, mistletoe, and mulberry shoots are mixed at a weight ratio of 1 : 0.01-0.03 : 0.03-0.05 and then boiled. According to the present invention, the functional tomato red pepper paste has an excellent flavor by mixing tomato and the like while securing the taste and nutrition unique to the red pepper paste, and has functionalities such as preventing diabetes, obesity, anti-aging and the like, and treating hypertension, neuralgia, bronchitis and the like.본 발명은 토마토 퓌레 27~35중량%, 사과 추출액 14~18중량%, 조청 14~18중량%, 고추가루 11~15중량%, 마늘 9~12중량%, 메주 7~9중량%, 식염 4.5~6중량%, 누룩 0.4~0.6중량%를 혼합하여 숙성시켜서 제조되되, 상기 조청은 물과 겨우살이와 상지를 1 : 0.01~0.03 : 0.03~0.05의 중량비율로 혼합하여 끓인 조청용수에 쌀이나 수수와 엿기름을 첨가하여 제조되는 기능성 토마토 고추장 및 이의 제조방법이 제공된다.본 발명에 따르면, 고추장 고유의 맛과 영양을 담보하면서 토마토 등의 배합에 의해 향미가 뛰어나도록 하고, 당뇨, 비만, 노화 등의 방지 및 고혈압, 신경통, 기관지염 등의 치료와 같은 기능성을 가지도록 한다.