The present invention relates to a method for producing a high purity isomalto oligosaccharide syrup using organic rice, wherein the method comprises the steps of: adding water, calcium chloride, and starch liquefying enzymes in organic whole rice or pulverized rice in order to be gelated and liquefied; adding diastatic enzymes in the liquefied rice slurry in order to be saccharized into a high concentration maltose solution; producing an isomalto oligosaccharide trans-solution by adding transglucosidase in the high concentration maltose solution; decomposing residual saccharides, which is a byproduct, into glucose and maltose by adding α-amylase to the isomalto oligosaccharide trans-solution; mixing and fermenting the isomalto oligosaccharide trans-solution including the α-amylase added therein with lactic acid bacteria and yeasts; and filtering, pressing, and concentrating the mixed and fermented isomalto oligosaccharide trans-solution. In the method according to the present invention, high purity isomalto oligosaccharide syrup with improved flavors can be produced by mixing and fermenting lactic acid bacteria and yeasts. Moreover, by reducing the viscosity of an isomalto oligosaccharide trans-solution, high purity isomalto oligosaccharide syrup which has improved filtering efficiency and economical feasibility can be produced.본 발명은 유기농 쌀을 이용하여 고순도의 이소말토 올리고당 시럽을 제조할 수 있는 제조방법에 관한 것으로서, 유기농 통쌀 또는 파쇄미에 물, 염화칼슘 및 전분액화효소를 첨가하고 호화한 후 액화시키는 단계; 상기 액화된 쌀 슬러리에 당화효소를 첨가하여 고농도의 맥아당 당액으로 당화시키는 단계; 상기 고농도의 맥아당 당액에 트랜스글루코시다아제를 첨가하여 이소말토 올리고당 전이당액을 제조하는 단계; 상기 이소말토 올리고당 전이당액에 α-아밀라아제를 첨가하여 부산물인 잔류당을 포도당과 맥아당으로 분해하는 단계; 상기 α-아밀라아제가 첨가된 이소말토 올리고당 전이당액을 젖산균과 효모로 혼합발효하는 단계; 및 상기 혼합발효된 이소말토 올리고당 전이당액을 여과하고 감압농축하는 단계;를 포함한다.본 발명에 따른 고순도의 이소말토 올리고당 시럽의 제조방법은 젖산균과 효모의 혼합발효로 풍미를 향상시킨 고순도의 이소말토 올리고당 시럽을 제조할 수 있으며, 이소말토 올리고당 전이당액의 점도를 낮추어 여과효율을 높이고 경제성 있는 고순도의 이소말토 올리고당 시럽을 제조할 수 있다.