A method for creating a custom cell processing protocol includes providing a cell processing device having a display, a blood component separation device, and a pump. The method may then select, using the display, a first and second processing phase. The first processing phase has a plurality of first processing phase parameters and the second processing phase has a plurality of second processing phase parameters. The method may then modify the first and second processing phase parameters using the display, and create a custom protocol algorithm. The algorithm may be based, at least in part, on the selected first and second processing phases and the modified first and second processing phase parametersL'invention concerne un procédé de création d'un protocole de traitement de cellules personnalisées comprenant la fourniture d'un dispositif de traitement de cellules ayant un dispositif d'affichage, un dispositif de séparation de composants sanguins et une pompe. Le procédé peut ensuite sélectionner, à l'aide du dispositif d'affichage, une première et une seconde phase de traitement. La première phase de traitement comporte une pluralité de premiers paramètres de phase de traitement et la seconde phase de traitement comporte une pluralité de seconds paramètres de phase de traitement. Le procédé peut ensuite modifier les premier et second paramètres de phase de traitement à l'aide de l'affichage, et créer un algorithme de protocole personnalisé. L'algorithme peut être basé, au moins en partie, sur les première et seconde phases de traitement sélectionnées et les premier et second paramètres de phase de traitement modifiés.