A method and a system for use of treatment liquids in an apparatus for staining of tissue specimens on microscope slides, wherein the apparatus comprises a plurality of vessels (4) for receiving different liquids for treatment of the tissue specimens, a plurality of tanks (11) for treatment liquids, connecting lines (15) between the tanks and the vessels, a plurality of pumps (13) connected on the connecting lines, and a control unit for control of the apparatus and the liquid treatment by means of a data program, wherein the control unit is arranged for selective control of the relevant pumps (13), so that vessels (4) to be used in a staining process, are filled with liquid (14) at the start of the staining process, and so that the liquid-filled vessels (4) are emptied automatically when they are no longer to be used in the staining process.Linvention concerne un procédé et un système destinés à lutilisation de liquides de traitement dans un appareil de coloration de spécimens de tissus sur des lames porte-objet, lappareil comprenant une pluralité de récipients (4) capables de recevoir différents liquides pour traiter des spécimens de tissus, une pluralité de réservoirs (11) pour les liquides de traitement, des tubes de raccordement (15) entre les réservoirs et les récipients, une pluralité de pompes (13) raccordées aux tubes de raccordement et un dispositif de commande pour la commande de lappareil et le traitement par les liquides au moyen dun programme de données, le dispositif de commande étant réglé pour la commande sélective des pompes pertinentes (13) afin que les récipients (4) à utiliser lors dune coloration soient remplis de liquide (14) au début de la coloration et que les récipients emplis de liquide (4) soient vidés automatiquement lorsquils ne sont plus utilisés dans le processus de coloration.