A method performed by a computing system includes receiving a set of collected spatial information for a distal portion of an instrument at a plurality of locations within a set of anatomical passageways and receiving a plurality Receiving a set of position information about a reference part of the instrument when located at each of the locations of the instrument. The method also includes the steps of determining a reference set of spatial information for the distal portion of the instrument based on the set of collected spatial information and a set of position information about the reference portion of the instrument and a reference set of spatial information And aligning with the set of model information of the anatomical structure.コンピューティングシステムによって実行される方法は、解剖学的構造の通路のセット内の複数の場所における器具の遠位部分についての収集された空間情報のセットを受信するステップ及び器具の遠位部分が複数の場所のそれぞれにあるとき器具の基準部分についての位置情報のセットを受信するステップを含む。方法はまた、収集された空間情報のセットと器具の基準部分についての位置情報のセットとに基づいて、器具の遠位部分についての空間情報の基準セットを決定するステップ及び空間情報の基準セットを解剖学的構造のモデル情報のセットと位置合わせするステップを含む。