The present invention relates to the development of novel mycoherbicide for controlling Parthenium hysterophorus. The present invention also discloses fungal isolates of Alternaria sp AGPH#04 use spores, as a cell-and spore-free filtrate, a crude filtrate, or a crude suspension of the culture and optionally along with other additives. The fungal strain was observed to be particularly virulent against Parthenium. The fungal strain was deposited in NCIM as private culture collection and assigned the number NCIM 1371. The strain was also deposit in the patent collection of the IMTECH under the terms of the Budapest Treaty and has been assigned accession number MTCC 5973. The sequence homology and phylogenic analysis of strain showed 98% nucleotide similarity with other similar genus isolate. The present invention also discloses whole genome study for identification of novel probe and primer pair sequence for use in detecting isolates that exhibit bio-control activity. The present invention also discloses process of production and characterization of naturally occurring host specific phytotoxic compound that is excreted by the Alternaria sp. AGPH04.La présente invention concerne le développement d'un nouveau mycoherbicide pour combattre Parthenium hysterophorus. La présente invention concerne également des isolats fongiques d'Alternaria sp AGPH04 utilisant des spores en tant filtrat exempt de cellules et de spores, un filtrat brut, ou une suspension brute de la culture et éventuellement d'autres additifs. On a observé que la souche fongique est particulièrement active contre Parthenium. La souche fongique a été déposée auprès de NCIM en tant que collection de culture privée et s'est vu attribuer le numéro NCIM 1371. La souche a été également déposée dans la collection de brevets de l'IMTECH dans le cadre du Traité de Budapest et s'est vu attribuer le numéro MTCC 5973. L'homologie de séquence et l'analyse phylogénétique de la souche ont montré 98 % de similitudes avec u
