本发明提供了一种优化的耐高温甘露聚糖酶MAN5gy及其制备方法和应用。本发明突变了来源于黑曲霉的甘露聚糖酶MAN5gy,获得的氨基酸序列如SEQ ID NO.3所示,且本发明提供了编码上述阿拉甘露聚糖酶的编码基因man5gy。本发明突变后的甘露聚糖酶的具有以下性质:最适pH4.0,最适温度65℃。所述甘露聚糖酶适用于饲料工业,可与木聚糖酶协同作用,有效消除或降低因粘度增加而引起的抗营养作用。在石油及天然气开采业中,甘露聚糖酶能够很好的降解半乳甘露聚糖,继而增强石油或天然气流动的流速。由于在石油开采过程中的温度较高(>80℃),所以高温的甘露聚糖酶能够很好的发挥作用。