本发明涉及一种酸性β-甘露聚糖酶Aman、酸性耐高温β-甘露聚糖酶AHTMan及其基因和应用,提供了一种酸性β-甘露聚糖酶AMan,其具有如SEQ ID NO.1所示氨基酸序列;一种酸性耐高温β-甘露聚糖酶AHTMan,其具有如SEQ ID NO.3所示的氨基酸序列;本发明还提供了编码上述酸性β-甘露聚糖酶和酸性耐高温β-甘露聚糖酶的基因,其核苷酸序列分别如SEQ ID NO.2、SEQ ID NO.4所示,还提供了包含上述两种基因的重组载体、重组菌株及其应用。本发明的酸性耐高温β-甘露聚糖酶通过高效表达后能够达到较高的发酵水平,在工业生产中可较大程度降低生产成本,使其在饲料、食品、石油开采等工业中显示出更大的应用潜力。