The present invention relates to a method for preparing a health functional food, which supplies each health effective component by a fermented product obtained by fermenting a balsam apple as a main component with a mixture obtained by mixing a rice embryo bud, a mulberry leaf, and an oat, neutralizes a beta elaterin toxic component included in the balsam apple, enhances digestion and absorption power, and activates fermentation. The method of the present invention comprises: a first step of preparing a mixture obtained by mixing rice embryo bud powder and powdered milk; a second step of preparing a fermentation composition by inputting water and Lactobacillus bulgaricus to the mixture, and uniformly stirring the same; a third step of preparing a primary fermented product by inputting all materials, such as balsam apple powder, mulberry leaf powder, and oat powder into the fermentation composition, and fermenting the same; a fourth step of preparing a secondary fermented product by inputting bifidus to the primary fermented product and fermenting the same; and a fifth step of drying the secondary fermented product with hot air to be powdered in fine particles.본 발명은 여주를 주성분으로 하고 여기에 쌀눈, 뽕잎, 귀리가 혼합된 혼합물을 포함하여 발효시킨 발효산물에 의해 각 건강유효성분을 공급함과 아울러 여주에 포함된 베타엘라테린 독성 성분을 중화시키고 소화 흡수력 증진 및 발효 활성화가 이루어지도록 한 건강기능식품의 제조방법에 관한 것이다.즉, 본 발명은 쌀눈분말과 분유가 혼합된 혼합물을 만드는 제1단계, 상기 혼합물에 물과 락토바실러스 불가리쿠스 유산균을 넣고 이를 골고루 교반하여 발효조성물을 만드는 제2단계, 상기 발효조성물에 여주분말, 뽕잎분말, 귀리분말로 된 모든 재료를 투입하고 이를 발효시켜 1차 발효산물을 만드는 제3단계, 상기 1차 발효산물에 비피더스 유산균을 투입하고 이를 발효시켜 2차 발효산물을 만드는 제4단계, 상기 2차 발효산물을 열풍 건조 및 미립자로 분말화하는 제5단계로 이루어지는 여주, 쌀눈, 뽕잎, 귀리를 이용한 건강기능식품의 제조방법을 특징으로 한다.