The present invention relates to: 1) sorting and washing 2) folding and squeezing 3) decomposing pectin by treating the polygalacto-linase 4) precipitating and filtering to obtain a juice 5) concentrating the juice firstly under reduced pressure 6) adding malt syrup and transglycosidase to the juice, mixing the mixture, and reacting to produce glucooligosaccharide 7) sterilizing to inhibit the enzyme reaction And 8) concentrating the gluco-oligosaccharide at a second reduced pressure to produce a glucooligosaccharide. Since the oligosaccharide of a certain quality can be produced from the embryos at a high yield by using the method for producing gluco-oligosaccharides of the present invention, it can be applied to the development of various functional foods by mass-producing the gluco-oligosaccharides.본 발명은 1) 배 선별 및 세척하는 단계 2) 배 파쇄 및 착즙하는 단계 3) 폴리갈락투로나아제를 처리하여 펙틴을 분해하는 단계 4) 침전 및 여과하여 배즙을 얻는 단계 5) 배즙을 1차 감압 농축하는 단계 6) 배즙에 맥아물엿 및 트랜스글리코시다아제를 첨가하여 혼합하고, 효소 반응하여 글루코올리고당을 생성하는 단계 7) 효소 반응을 억제하기 위하여 살균하는 단계 및 8) 글루코올리고당을 2차 감압 농축하는 단계를 포함하는 배로부터 글루코올리고당을 제조하는 방법에 관한 것이다. 본 발명의 글루코올리고당 제조 방법을 이용하면 배로부터 일정한 품질의 올리고당을 높은 수율로 제조할 수 있으므로, 상기 글루코올리고당을 대량 생산하여 다양한 기능성 식품의 개발에 응용이 가능하다.