本发明公开含益生菌的软质新鲜干酪及其制备方法。该方法包括如下步骤:(1)原料乳于68-72℃下巴氏杀菌,再冷却至25℃-28℃,之后原料乳每1000重量份接入含有2×108-5×108cfu/ml干酪乳杆菌BD-II(Lactobacillus casei BD-II)工作发酵剂10-30重量份,混合均匀后发酵4-8小时,再与0.01-0.03重量份发酵剂混合均匀,发酵至pH达到4.7-4.8;(2)将步骤(1)所得凝乳按8-12mm×8-12mm×8-12mm切割成凝块,静置15-20min,升温至45-48℃并保持35-40分钟,经排乳清,水洗,三次温度依次为20℃-25℃,12℃-16℃和≤7℃,待凝块与第三次水洗温度达到一致,搅拌使凝块浮起,收集凝块,自由水排出即可。该干酪发挥干酪和益生菌功能,益生菌在干酪中很好地增殖,保质期内保持高活菌数,并且干酪正常风味和质地能够得到良好的保持。