For the purpose of improving the manipulator operability while reducing the diameter of the insertion portion including the manipulator, the manipulator system 1 of the present invention has a flexible manipulator lumen 9B penetrating in the longitudinal direction. In place of the shape sensor 13, the overtube 11 having the flexibility, the flexible shape sensor 13 that is removably inserted into the manipulator lumen 9B of the overtube 11 and capable of detecting the shape of the manipulator lumen 9B, A flexible manipulator 5 that can be inserted into the manipulator lumen 9B and a controller 17 that controls the manipulator 5 based on the shape of the manipulator lumen 9B detected by the shape sensor 13 are provided.マニピュレータを含む挿入部の細径化を図りつつ、マニピュレータの操作性を向上することを目的として、本発明のマニピュレータシステム1は、可撓性を有し、長手方向に貫通するマニピュレータ用ルーメン9Bを有するオーバーチューブ11と、オーバーチューブ11のマニピュレータ用ルーメン9Bに挿脱可能に挿入されて、マニピュレータ用ルーメン9Bの形状を検出可能な可撓性を有する形状センサ13と、形状センサ13に代えて、マニピュレータ用ルーメン9B内に挿入可能な可撓性を有するマニピュレータ5と、形状センサ13により検出されたマニピュレータ用ルーメン9Bの形状に基づいて、マニピュレータ5を制御する制御部17とを備える。