The present invention relates to an improved method for detoxifying gluten proteins from cereal grains which makes it possible to obtain detoxified flours with a reduction of the antigenicity of the toxic epitopes of the gluten proteins by up to a range between 0 and 20 ppm and such that they can be advantageously used for the preparation of food products (e.g. bakery products, pasta or dairy products) having a manifest preventive and/or therapeutic effect for gut dysbiosis caused by bacterial or viral infective agents or by pathologies with a strong inflammatory or autoimmune component such as celiac disease, ulcerative colitis, Crohn's disease and irritable intestine syndrome.La presente invención se relaciona con un método mejorado para destoxificar proteínas del gluten provenientes de granos de cereal lo cual hace posible obtener harinas destoxificadas con una reducción de la antigenicidad de los epítopes tóxicos de las proteínas del gluten en hasta una variación entre 0 y20 ppm y de tal forma que se puedan utilizar ventajosamente para la preparación de productos alimenticios (por ejemplo, productos de pastelería, pasta o productos lácteos) que tengan un efecto preventivo y/o terapéutico manifiesto para la disbiosis intestinal provocada por agentes infecciosos bacterianos o virales o por patologías con un fuerte componente inflamatorio o autoinmune tal como una enfermedad celíaca, colitis ulcerativa, enfermedad de Crohn y el síndrome del intestino irritable.