The present invention relates to a meju containing miso and a process for preparing the same, and more particularly, to a process for preparing miso containing meju and miso using the same, And a manufacturing method thereof. The present invention is characterized in that boiled beans are formed by mixing a functional powder with the functional powder, and the functional powder includes a flax powder.본 발명은 여주를 함유하는 메주와 이를 이용한 된장의 제조방법에 관한 것으로서, 더욱 상세하게는 여주 성분을 함유하여 풍미를 증대시킴과 동시에 염도가 낮은 된장을 제공하여 건강에 유용한 메주와 이를 이용한 된장의 제조방법에 관한 것이다. 본 발명은 삶은 콩에 기능성 파우더를 혼합하여 형성시킨 것으로서, 상기 기능성 파우더는 여주 분말을 포함하는 것을 특징으로 한다.