A manufacturing method of functional coffee beans according to the present invention comprises the following: a first heating step of heating fresh coffee beans in a predetermined heating amount for 3-4 minutes； a second heating step of heating the coffee beans heated in the first heating step in the heating amount smaller than the heating amount in the first heating step for 2-3 minutes； and a third heating step of heating the coffee beans heated in the second heating step in the heating amount smaller than the heating amount in the second heating step for 10-50 seconds. The functional coffee beans have superior flavor compare to existing coffee beans, and contains an abundant amount of chlorogenic acid.본 발명에 따른 기능성원두의 제조방법은, 커피 생두를 일정한 가열량으로 3분내지 4분의 시간동안 가열하는 제1 가열단계, 상기 제1단계에서 가열된 생두를 상기 제1단계에서 가해진 가열량보다 적은 가열량으로 2분내지 3분의 시간동안 가열하는 제2 가열단계 및 상기 제2단계에서 가열된 생두를 상기 제2단계에서 가해진 가열량보다 적은 가열량으로 10초 내지 50초의 시간동안 가열하는 제3 가열단계를 포함한다.
