本发明公开了低温过氧化氢酶及其制备方法和应用。本发明从天山土壤宏基因中分离得到过氧化氢酶基因,其多核苷酸序列为SEQ ID No.1所示,编码502个氨基酸和一个终止密码子。本发明过氧化氢酶的最适温度是10‑20℃,并且在0~30℃的低温范围内均具有较高的酶活性,具有低温酶的特性,能在低温环境中发挥清除H2O2的作用。本发明的过氧化氢酶具有良好的热稳定性,在40℃具有良好的热稳定性,处理3 h后仍残留74%的酶活性,在50℃具有一定的热稳定性,处理0.5 h后仍残留78%的酶活性。本发明过氧化氢酶的最适pH为8.0。本发明进一步提供了所述的过氧化氢酶作为抗氧化剂在清除H2O2中的应用。