本发明公开了调控植物原花青素合成的MYB类转录因子及其编码基因和应用。本发明从苦荞中克隆了MYB类转录因子FtMYB43,其氨基酸序列为SEQ ID No.1所示。本发明将该转录因子FtMYB43基因分别遗传转化荞麦以及拟南芥获得转基因荞麦毛状根以及拟南芥,对获得的阳性拟南芥中的原花青素通路的酶基因进行表达量检测并检测FtMYB43基因转拟南芥异位表达后的原花青素含量,检测结果显示,FtMYB43基因有助于提高毛状根中类黄酮代谢途径部分关键酶基因的表达量,进而促进原花青素的生物合成;转基因株系原花青素含量有显著增加,说明FtMYB43基因参与上调拟南芥植株中原花青素的生物合成。