本发明涉及基因工程领域,具体地,本发明提供一种来源于Aspergillus niger保藏编号是:CGMCC No.4235的β-甘露聚糖酶,其氨基酸序列如SEQ ID NO.1所示,且本发明提供了编码上述β-甘露聚糖酶的基因,其序列如SEQ ID NO.2所示。该甘露聚糖酶的最适温度为75℃,最适pH值为3.0,是一种酸性的β-甘露聚糖酶,因此,在动物肠胃的酸性环境中能够更有效的降低甘露聚糖的抗营养作用,促进动物对饲料的利用率。本发明还提供了该甘露聚糖酶基因高效表达的方法,其表达量可达到11785U/mL,同现有技术相比其表达量更高,因此,可大大降低工业生产成本,使其在饲料、食品、石油化工、酿酒等工业中显示出更大的应用潜力。