本发明公开了一种酸性β-甘露聚糖酶、基因、工程菌及其构建,编码基因manAsp来源于黑曲霉(Aspergillus niger)CBS 513.88,其具有如SEQ ID NO.3或4所示的核苷酸序列,编码获得的酸性β-甘露聚糖酶具有如SEQ ID NO.1或2所示的氨基酸序列。工程菌的构建是将含有该酸性β-甘露聚糖酶编码基因序列的毕赤酵母组成型表达载体(pGAPZα-man)导入毕赤酵母中得到的。本发明的酸性β-甘露聚糖酶具有以下性质:最适pH5.0,最适温度40℃,在pH3.0-7.0具有较好的稳定性,90℃处理1小时残留酶活66.39%;该工程菌实现了酸性β-甘露聚糖酶的高效表达,且发酵工艺简单,提取成本低廉,适于大规模工业化生产,在饲料、食品、医药、能源等行业中应用前景广阔。