本发明涉及基因工程领域。具体地,本发明涉及一种酸性β‑甘露聚糖酶Man5DB及其基因和应用,其氨基酸序列如SEQ ID NO.1或SEQ ID NO.2所示。该酶具有以下性质:最适pH为5.0,在pH3.5‑6.0范围内,该酶能够维持其60%以上的酶活力;最适反应温度为65℃,在45℃‑70℃之间能保持50%以上的酶活;该酶在37℃下处理60min后,在pH4.0‑pH9.0之间能够维持80%以上的酶活力,说明该酶具有优良的pH稳定性;在50℃下处理60min后,酶活没有损失,65℃处理5min仍能保持20%以上的酶活。另外,其比活力为795U mg–1。该酸性甘露聚糖酶有良好的耐热性,可应用于饲料、食品、医药等工业。根据本发明的技术方案就可以实现利用基因工程手段生产性质优良适合工业应用的甘露聚糖酶。