A surgical navigation system employs an endoscope (30) and an imaging unit (80). The endoscope (30) include an electromagnetic tracker (40) within a working channel of endoscope (30) for generating electromagnetic sensing signals indicative of one or more poses of the endoscope (30) within an anatomical region, and an endoscopic camera (50) within an imaging channel of the endoscope (30) for generating endoscopic images of the anatomical region. The imaging unit (80) executes an intraoperative calibration of the electromagnetic tracker (40) and the endoscopic camera (50) as a function of an image registration between the preoperative scan image of a calibration site within the anatomical region and one or more endoscopic images of the calibration site within the anatomical region.Linvention porte sur un système de navigation chirurgicale qui emploie un endoscope (30) et une unité dimagerie (80). Lendoscope (30) comprend un dispositif de suivi électromagnétique (40) à lintérieur dun canal de travail de lendoscope (30) pour générer des signaux de détection électromécanique indicatifs dune ou plusieurs poses de lendoscope (30) à lintérieur dune région anatomique, et une caméra endoscopique (50) à lintérieur dun canal dimagerie de lendoscope (30) pour générer des images endoscopiques de la région anatomique. Lunité dimagerie (80) exécute un étalonnage peropératoire du dispositif de suivi électromagnétique (40) et de la caméra endoscopique (50) en fonction dun enregistrement dimage entre limage de balayage préopératoire dune site détalonnage à lintérieur de la région anatomique et une ou plusieurs images endoscopiques du site détalonnage à lintérieur de la région anatomique.