本发明涉及基因工程领域,具体地,本发明涉及一种嗜酸乳糖酶BGALA及其基因和应用。本发明提供了一种来源于嗜酸双孢菌属Bispora sp.的乳糖酶BGALA,其氨基酸序列如SEQ ID NO.1所示,且本发明提供了编码上述乳糖酶的基因组和cDNA编码基因bgalA。本发明获得一种嗜酸乳糖酶,其最适pH值为1.5,同时在酸性环境中均保持有高的酶活性,其具有较好的pH稳定性和热稳定性,抗蛋白酶水解。且该酶在模拟消化道环境中可以高效水解牛奶中的乳糖。这些性质使其能用来治疗乳糖不耐受症及用于乳品工业,处理加工牛乳、乳清等。