A specific bacterium in a companion animal can be improved by adjusting the diet of the animal to increase the amount of a compound which positively or negatively modulates the specific type of bacterium or to decrease the amount of a compound which positively or negatively modulates the specific type of bacterium. The specific type of bacterium can be one or more of Bifidobacterium, Lactobacillus, or Clostridium perfringens.Une bactérie spécifique chez un animal de compagnie peut être améliorée en ajustant le régime de l'animal pour augmenter la quantité d'un composé qui module positivement ou négativement le type spécifique de bactérie ou diminuer la quantité d'un composé qui module positivement ou négativement le type spécifique de bactérie. Le type spécifique de bactérie peut être Bifidobacterium, Lactobacillus, et/ou Clostridium perfringens.