The present invention provides, inter alia, a method for identifying an agent that selectively decreases the number of cancer stem cells (CSCs). This method includes (a) contacting a CSC from a population of cells with a candidate agent; and (b) determining whether the candidate agent reduces the survival or growth of the CSC or increases differentiation of the CSC relative to a CSC that has not been contacted with the candidate agent. The method may be used as a high throughput screen.本発明は、特に、癌幹細胞(CSC)の数を選択的に減少させる物質を同定するための方法を提供する。本方法は、(a)細胞集団由来のCSCを候補物質と接触させる工程、及び(b)前記候補物質が前記CSCの生存もしくは増殖を減少させるかどうか、又は前記CSCの分化を増加させるかどうかを前記候補物質と接触させられていないCSCと比較して決定する工程を含んでいる。本方法は、高スループットスクリーンとして使用することができる。