本发明公开一种稻瘟病抗性基因Pia功能特异性分子标记及其方法与应用。该分子标记由Pia-1FNP和Pia-2FNP组成。本发明通过对多个水稻稻瘟病抗性基因Pia的等位基因序列与Pia-1及Pia-2序列做比对的方法，分析得到能区别于其他感病等位基因以及其他稻瘟病抗性基因的Pia-1功能特异性的1处STS，以及Pia-2功能特异性的1处SNP；通过引物设计，分别得到SEQ ID NO.1和SEQ ID NO.2，以及SEQ ID NO.3和SEQ ID NO.4，对水稻总DNA进行扩增，分别通过直接电泳检测以及特异性酶切之后电泳检测，得到Pia功能特异性分子标记Pia-1FNP和Pia-2FNP，二者组合则可准确地检测功能性的Pia。本发明可在大量的水稻种质资源中筛选、鉴定该功能性抗性基因，以及在分子标记辅助选择育种、基因聚合育种以及转基因育种中的得到应用。
