本发明公开了一种稻瘟病抗性基因Pil功能特异性分子标记PilFNP及其方法与应用。该分子标记为引物对SEQ ID NO.1和SEQ ID NO.2从水稻总DNA中扩增出来的核苷酸序列。本发明通过对多个水稻稻瘟病抗性基因Pil的等位基因序列与水稻稻瘟病抗性基因Pil序列做比对的方法，分析得到能区别于其感病等位基因以及其他稻瘟病抗性基因的Pil功能特异性的单碱基差异(SNP)，再通过设计得到SEQ ID NO.1和SEQ ID NO.2引物，对水稻DNA扩增得到Pil功能特异性分子标记PilFNP。本发明可在大量的水稻种质资源中筛选、鉴定该功能性抗性基因，以及在分子标记辅助选择育种、基因聚合育种以及转基因育种中得到应用。
