本发明公开一种稻瘟病抗性基因Pik-s功能特异性分子标记及其方法与应用。该分子标记由Piks-1FNP、Piks-2FNP和Piks-3FNP组成，分别由引物对SEQID NO.1和SEQ ID NO.2，SEQ ID NO.3和SEQ ID NO.4以及SEQ ID NO.5和SEQ ID NO.6从水稻总DNA中扩增出来的核苷酸序列。本发明通过对多个水稻稻瘟病抗性基因Pik-s的等位基因序列与Piks-1及Piks-2序列做比对的方法，分析得到能区别于其感病等位基因以及其他稻瘟病抗性基因的Pik-s功能特异性的3个单碱基差异，再通过设计，得到前述引物，对水稻DNA扩增，分别得到Pik-s功能特异性分子标记Piks-1FNP、Piks-2FNP和Piks-3FNP。本发明可在大量的水稻种质资源中筛选、鉴定该功能性抗性基因，以及在分子标记辅助选择育种、基因聚合育种以及转基因育种中的得到应用。
