The present invention relates to a method and to equipment for preparing cheese or a cheese product containing at least one heat-sensitive compound having a positive nutritional effect such as a probiotic bacterium. The preparation method of the invention comprises: hot mixing a cheese paste and at least one compound having a positive nutritional effect, such as a probiotic bacterium, a seric protein, a vitamin or a micronutrient; and hot-metering the mixture thus obtained into a container (10) that is the subsequent packaging of the cheese or cheese product. According to the invention, the mixing is carried out immediately before the metering for a duration lower than 10 seconds and at a temperature higher than or equal to 60° C. in order to achieve a minimized thermal spoilage rate of the compound or each compound in said container for the entire product shelf life.La présente invention concerne un procédé et une installation de préparation d'un fromage ou d'une spécialité fromagère incorporant au moins un composé thermosensible à effet nutritionnel positif, tel qu'une bactérie probiotique. Le procédé de préparation selon l'invention comprend : - un mélangeage à chaud d'une pâte fromagère et d'au moins un composé thermosensible à effet nutritionnel positif, tel qu'une bactérie probiotique, une protéine sérique, une vitamine ou un micronutriment, et - un dosage à chaud du mélange ainsi obtenu dans un container (10) formant le conditionnement ultérieur du fromage ou de la spécialité fromagère. Selon l'invention, l'on met en œuvre ce mélangeage immédiatement avant ce dosage, pendant une durée inférieure à 10 secondes et à une température égale ou supérieure à 60° C, pour l'obtention d'un taux de destruction thermique minimisé du ou de chaque composé dans ce container pendant toute la durée de conservation du produit.