The present invention relates to a method of manufacturing health functional food, due to a fermented material fermenting linseed, berries, embryo bud of rice, and rice bran with lactobacillus, capable of supplying nutrients by various kinds of components, expecting health enhancement by medicinal effects, and providing easy intake and good texture. According to the present invention, a method of manufacturing health functional food by using linseed, berries, embryo bud of rice, and rice bran comprises: a first step of mixing embryo bud of rice and rice bran, and sterilizing the mixture through a roasting process a second step of mixing linseed with the sterilized mixture of the embryo bud of rice and the rice bran, and pulverizing the mixture a third step of mixing berries, nonfat dry milk, and lactobacillus with a mixed and pulverized material of the previous step to make a mixture paste and a fourth step of fermenting and low temperature-drying the mixture paste of the previous step to make a fermented mixture product.본 발명은 아마씨와 베리류, 쌀눈, 미강을 유산균 발효하여서 된 발효산물에 의해 상기 각종 성분에 의한 영양성분의 공급 및 약리효과로 건강증진을 기대할 수 있고 섭취가 간편하고 식감이 우수한 건강기능식품의 제조방법에 관한 것이다.즉, 본 발명은 쌀눈과 미강을 혼합하고 이를 볶음과정으로 살균하는 제1단계, 상기 단계의 살균된 쌀눈과 미강의 혼합물에 아마씨를 혼합 및 분쇄하는 제2단계, 상기 단계의 혼합 분쇄물에 베리류 및 탈지분유, 유산균을 혼합하여 혼합 반죽물을 만드는 제3단계, 상기 단계의 혼합 반죽물을 발효하고 저온 건조시켜 혼합 발효산물을 만드는 제4단계로 이루어진 것을 포함하는 아마씨와 베리류, 쌀눈, 미강을 이용한 건강기능식품의 제조방법을 특징으로 한다.