An automated method for Analysis of Seeds in a SEED Populations genetic differences, which comprises: extracting a sample that includes cells with DNA from seeds of the population, while maintaining the viability of Seeds to germinate.Trace in the DNA extracted from the sample for the presence or absence of a genetic Marker selecting Seeds of the Population Based on the Tracking results of DNA and grow plants from seeds selected.Un método automatizado para analizar semillas en una población de semillas que tiene diferencias genéticas, que comprende: extraer una muestra que comprende células con ADN de semillas de la población, mientras que mantiene la viabilidad germinativa de las semillas, rastrear en el ADN extraído de la muestra la presencia o ausencia de un marcador genético seleccionar semillas de la población en base a los resultados del rastreo del ADN y cultivar plantas a partir de las semillas seleccionadas.