本发明涉及一种筛选高糖原含量长牡蛎亲贝的方法及其相关的SNP引物对。通过486个个体的全基因组关联分析,鉴定出位于长牡蛎6号染色体上的67个与糖原含量显著相关的SNP信号。针对该区域scaffold1243_53489碱基处的1个SNP位点,开发了其相应的检测方法,结果表明利用该方法可以简单迅速检测该SNP位点。同时该位点CC基因型个体相比较于TT基因型个体。筛选CC基因型的亲贝,指导牡蛎育种。所述长牡蛎该位点上下游500kb的核苷酸序列如SEQ ID No.1所示。本发明有益效果在于苗种繁育前对亲贝进行基因型鉴定,提高子代糖原含量。本研究结果获得SNP标记可信度更高,效果更稳定。