本发明涉及一种筛选高糖原含量长牡蛎亲贝的方法及其相关的SNP引物对。通过486个个体的全基因组关联分析，鉴定出位于长牡蛎6号染色体上的39个与糖原显著相关的SNP信号。针对该区域scaffold426_295，537碱基处的1个SNP位点，开发了相应的检测方法，同时所述该位点上下游500bp的核苷酸序列如SEQ ID No.1所示。同时该位点TT基因型个体相比较于CC基因型个体，糖原含量显著提高6.2％。筛选该位点的TT基因型亲贝，用于指导牡蛎育种。本发明有益效果在于可以在苗种繁育前对亲贝进行基因型鉴定，筛选该位点TT基因型亲贝，提高子代糖原含量。本研究结果是基于野生群体全基因组关联分析获得的SNP标记，效果更稳定。
