本发明涉及一种用于筛选长牡蛎高糖原含量亲贝的方法及其相关SNP标记的引物对。该SNP位点在基因组DNA中存在A和G两个等位基因形式;其上下游500bp核苷酸序列如SEQ ID No.1所示。实施结果表明利用该方法可以准确检测该SNP位点,筛选高糖原含量个体。同时该位点GG基因型个体相比较于AA基因型个体,糖原含量显著提高4.5%。后续可以通过该方法,筛选GG基因型的亲贝,指导牡蛎育种。本发明提供了一个筛选长牡蛎高糖原含量个体的SNP标记开发及其潜在应用,其有益效果在于可以在苗种繁育前对亲贝进行基因型鉴定,提高子代糖原含量。本研究结果获得SNP标记可信度更高,适应群体的范围更广,效果更稳定。