本发明涉及一种鉴定长牡蛎高不饱和脂肪酸二十碳三烯酸(C20:3Ω6)含量个体的SNP标记开发及其应用方法。通过前期全基因组关联分析,鉴定出位于长牡蛎1号染色体上的38个与C20:3Ω6含量显著相关的成簇SNP信号。本发明针对该区域scaffold460_104,049碱基处的1个SNP位点,开发了其相应的检测方法,该位点存在A/T两种碱基形式,上下游500bp的核苷酸序列如SEQ ID No.1所示。通过该检测方法,筛选AT基因型的亲贝,指导牡蛎育种。本发明提供了在苗种繁育前对亲贝进行基因型鉴定,提高子代不饱和脂肪酸含量的方法,其结果是基于全基因组关联分析获得的SNP标记,效果更稳定。