本发明提供了一种与大豆不饱和脂肪酸相对含量性状连锁的Indel标记及应用,属于分子生物学辅助育种领域。所述Indel标记的引物的核苷酸序列如下:InDel F/InDelR:AGCGTTACGCCACAATGA/GAACCTATTAGCCGTTTGAGAA;所述引物扩增的与大豆低油酸、高亚油酸、高亚麻酸性状连锁的Indel标记特征条带为113bp,其核苷酸序列如Seq ID No.5所示;所述引物扩增的与大豆高油酸、低亚油酸、低亚麻酸性状连锁的Indel标记特征条带为110bp,其核苷酸序列如Seq ID No.6所示。采用本发明所述的Indel标记对不饱和脂肪酸相对含量高低的大豆种质资源进行筛选,具有限制少、较准确、效率高等特点。