The present invention provides a method for processing bee honey containing chitosan and bee honey produced thereby. Through bee honey containing chitosan of the present invention, it is possible to consume all of natural sugars (glucose, fructose) including an effective ingredient of bee honey, a fibrin of polymer chitosan, and water-soluble low molecular chitosan absorbed to a human body. More specifically, the method comprises: a first step of preparing natural bee honey a second step of mixing the natural bee honey prepared in the first step and chitosan in a mixing container, wherein 80 to 90 wt% of the natural bee honey and 10 to 20 wt% of the chitosan are mixed, and mixing of the chitosan and the natural bee honey is performed while the temperature of the mixed container is maintained at 25 to 35°C a third step of storing the chitosan and natural bee honey mixed in the second step in a processing tank, and then preheating the same and a fourth step of storing the same in a separate container to be aged, after performing the preheating in the third step.본 발명은 키토산이 함유된 벌꿀은 벌꿀의 유효성분을 포함하는 천연 당(포도당, 과당), 고분자 키토산의 섬유소 및 인체에 흡수되는 수용성 저분자 키토산을 모두 섭취할 수 있는 키토산이 함유된 벌꿀의 가공방법 및 이에 의해 제조된 벌꿀을 제공하기 위한 것으로서, 보다 상세하게는 천연벌꿀을 준비하는 제1단계와 상기 제1단계에서 준비한 천연벌꿀과 키토산을 혼합용기에서 천연벌꿀이 80 내지 90 중량%, 키토산 10 내지 20 중량%로 혼합하고, 상기 혼합용기의 온도가 25~35℃로 유지하면서 상기 키토산과 천연벌꿀을 혼합하는 제2단계와 상기 제2단계에서 키토산과 천연벌꿀이 혼합된 후 가공 탱크에 저장하여 예열하는 제3단계 및 상기 제3단계에서 예열한 후 별도의 용기에 보관하여 숙성하는 제4단계를 포함한다.