To provide a medical device, a method of controlling a medical device, and a program capable of improving convenience in selecting a reference image from a plurality of fluoroscopic images.SOLUTION: The medical device includes an acquisition unit and a selection unit. The acquisition unit acquires a fluoroscopic image of a subject taken in time series. The selection unit selects a reference image including a fluoroscopic image corresponding to the maximum expiratory position and the maximum inspiratory position of the subject from among the plurality of fluoroscopic images acquired by the acquisition unit.SELECTED DRAWING: Figure 1【課題】複数の透視画像から参照画像を選択する際の利便性を向上させることができる医用装置、医用装置の制御方法、およびプログラムを提供することである。【解決手段】実施形態の医用装置は、取得部と、選択部と、を持つ。取得部は、時系列に被検体を撮影した透視画像を取得する。選択部は、前記取得部によって取得された複数の前記透視画像の中から、前記被検体の最大呼気位置および最大吸気位置に対応する透視画像を含んで参照画像を選択する。【選択図】図1