A method of freeze-drying a sample of fecal microorganism guns. A) mixing a sample of fecal microorganism total from a donor subject with a diluent selected from polyol, disaccharide to pentasaccharide, maltodextrin and mixtures thereof, and B) Freezing the sample of the fecal microorganism gun from the donor subject, followed by freezing at a temperature of from -70 ° C to -100 ° C, and lyophilizing it.분변 미생물총의 샘플의 동결건조 방법. 본 발명은 A) 공여자 대상체로부터의 분변 미생물총의 샘플을 폴리올, 디사카라이드 내지 펜타사카라이드, 말토덱스트린 및 그의 혼합물로부터 선택된 희석제와 혼합하는 단계, 및 B) A)에서 수득된 혼합물을 -50℃ 미만, 바람직하게는 -70℃ 내지 -100℃의 온도에서 냉동시킨 후, 이를 동결건조시키는 단계를 포함하는, 공여자 대상체로부터의 분변 미생물총의 샘플을 동결건조시키는 방법에 관한 것이다.