An apparatus (1) for positioning a medical instrument (2) with respect to a target tissue (3) comprises reference means (9) with a plurality of guide channels (11) to allow the medical instrument (2) to pass in a guided manner, processing means (8) which determine a misalignment magnitude between at least one of the guide channels (11) and a target position (30) in the target tissue (3), transversal adjusting means (38) which allow the position of the reference means (9) to be adjusted so as to compensate for the misalignment between the target position (30) and the guide channel (31).La présente invention concerne un appareil (1) destiné au positionnement d'un instrument médical (2) par rapport à un tissu cible (3) et comprenant un moyen de référence (9) comprenant une pluralité de canaux de guidage (11) pour permettre à l'instrument médical (2) de passer d'une manière guidée, et une référence de profondeur (33) dont la position par rapport aux canaux de guidage (11) peut être ajustée dans la direction de guidage (14) et peut être fixée de manière à fournir une position de fin de course d'insertion de l'instrument médical (2) dans un canal sélectionné (31) des canaux de guidage (11).