3D scanner systems and methods of using such systems are disclosed. The handheld scanner of the 3D scanner system is used to control the mode of operation of the system so that the user does not have to engage with an external unit in a scanning procedure in which the patient's upper and lower jaw teeth are scanned, for example.3Dスキャナシステム及びそのようなシステムを使用する方法が開示される。3Dスキャナシステムの手持ちスキャナは、例えば患者の上顎及び下顎の歯が走査される走査手順において使用者が外部ユニットに係わる必要がないように、システムの作動モードを制御するために使用される。