A system and method is provided for acquiring flow encoded data from a subject using a magnetic resonance imaging (MRI) system. The method includes acquiring flow encoded (FE) data with alternating encoding polarities and along two of three orthogonal directions through the subject over at least two cycles of the flow within the subject; and separating the FE data into directional FE datasets using a temporal filter that separates the FE data based on temporal modulation of the FE directions caused by the alternating encoding polarities extending over the at least two cycles of the flow within the subject that shift the Fourier spectrum of velocity waveforms corresponding to the FE data. The method also includes using the directional FE datasets to generate an image of the subject showing flow within the subject caused by the at least two cycles of flow within the subject.L'invention concerne un système et un procédé permettant d'acquérir des données codées d'écoulement d'un sujet au moyen d'un système d'imagerie par résonance magnétique (IRM). Le procédé consiste à acquérir des données codées de flux (FE) avec des polarités de codage alternées et sur deux des trois directions orthogonales à travers le sujet sur au moins deux cycles de l'écoulement dans le sujet ; et à séparer les données FE en ensembles de données FE directionnelles au moyen d'un filtre temporel qui sépare les données FE sur la base d'une modulation temporelle des directions FE provoquée par les polarités de codage alternées s'étendant sur les deux cycles de l'écoulement ou plus dans le sujet qui décalent le spectre de Fourier des formes d'onde de vitesse correspondant aux données FE. Le procédé consiste également à utiliser les ensembles de données FE directionnelles pour générer une image du sujet présentant un écoulement dans le sujet causé par les deux cycles de l'écoulement ou plus dans le sujet.