The invention is related to the production method of the microencapsulated form of probiotics with the chitosan-alginate polymers, the microcapsules loaded with probiotics obtained by this method and their use in food, agriculture and cosmetics. These microcapsules do not make alterations in the colour and appearance of the product on which they are applied and have antifungal and anti-mycotoxin features.L'invention concerne un procédé de production de la forme microcapsulée de probiotiques avec des polymères de chitosane-alginate, les microcapsules chargées avec des probiotiques obtenus par ce procédé et leur utilisation dans des produits alimentaires, agricoles et cosmétiques. Ces microcapsules n'entraînent aucune altération de la couleur et de l'apparence du produit sur lequel elles sont appliquées et ont des caractéristiques antifongiques et anti-mycotoxines.