The present invention relates to a method for manufacturing a functional beverage through fermentation of a mixture of whey and an extract of fruit bodies of Lentinus edode. The method comprises: a step of sterilizing and cooling whey (pH 6.5); a Lentinus edode-whey fermentation liquid preparing step of mixing the cooled whey with an extract of fruit bodies of Lentinus edode and a culture liquid of Lactobacillus acidophillus, followed by fermentation; a step of mixing the Lentinus edode-whey fermentation liquid with sugar, an apple concentrate, hydrous citric acid, carboxymethyl cellulose (CMC), a yogurt flavor, and a Lentinus edode flavor to prepare a mixture; and a step of stirring the mixture, followed by filtration and low-temperature storage.본 발명은 유청과 표고버섯 자실체 추출물의 혼합 발효를 통한 기능성 음료의 제조방법에 관한 것으로, 유청(pH 6.5)을 살균하여 냉각하는 단계; 상기 냉각한 유청에 표고버섯 자실체 추출물 및 락토바실러스 아시도필러스(Lactobacillus acidophillus) 배양액을 혼합하여 발효하는 표고버섯 유청 발효액 제조단계; 상기 표고버섯 유청 발효액, 설탕, 사과농축액, 함수구연산, 구연산나트륨, 시엠시(카르복시메틸셀룰로오스, CMC), 요구르트향 및 표고버섯향을 혼합하여 혼합물을 제조하는 단계; 및 상기 혼합물을 교반한 후, 여과하여 저온저장하는 단계;를 포함하여 이루어지는 것이다.