The present invention relates to a process for processing coffee cherries using microorganisms and deep seawater to reduce defects in coffee cherries, shorten the processing time of green beans, increase the content of trigonelline, a precursor of coffee aroma, The present invention relates to a method for processing coffee cherries.본 발명은 커피 체리를 미생물과 해양심층수를 이용하여 가공함으로써, 커피 체리의 불량두가 감소하고, 생두의 가공기간을 단축시키며 , 커피의 향기성분 전구체인 트리고넬린의 함량이 증가되는 미생물과 해양심층수를 이용한 커피 체리의 가공방법에 관한 것이다.