The present invention is directed to a method to produce a dairy based food composition with low LPS comprising the steps (a) Providing a milk with a storage time of less than 264 hours and either (b1) Treating the milk with a microfilter of poresize of from 0.01-2 μm such that at least a casein rich fraction and a serum protein rich fraction is obtained, or (b2) Treating the milk such that at least 98 wt % of the Gram negative bacteria is removed, and heating the milk wherein at least 98wt % of the Gram negative bacteria is removed to 60-90° C. The methods of the present invention are very suitable to provide a dairy based food composition wherein less than 5100 EU LPS per liter ready to use food composition is present or wherein less than 39 EU LPS per gram dry product is present.La présente invention porte sur un procédé pour produire une composition alimentaire à base de produits laitiers ayant une faible teneur en lipopolysaccharides, lequel procédé comprend les étapes consistant à (a) produire un lait dont un temps de stockage est inférieur à 264 heures et soit (b1) traiter le lait avec un microfiltre de taille de pores de 0,01 à 2 µm de telle sorte qu'au moins une fraction riche en caséine et une fraction riche en protéines de sérum sont obtenues, soit (b2) traiter le lait de telle sorte qu'au moins 98 % en poids de la bactérie à Gram négatif est retirée, et chauffer le lait dans lequel au moins 98 % en poids de la bactérie à Gram négatif est retirée entre 60 à 90°C. Les procédés selon la présente invention sont tout à fait aptes à procurer une composition alimentaire à base de produits laitiers dans laquelle moins de 5100 unités d'endotoxine de lipopolysaccharides par litre de composition alimentaire prête à l'utilisation sont présentes, ou dans laquelle moins de 39 unités d'endotoxine de lipopolysaccharides par gramme de produit sec sont présentes.